Présentation
Récemment mis en place à l’IBPC grâce à des financements LABEX et EQUIPEX, le Plateau Protéomique de l’IBPC met ses équipements et son savoir-faire au service de la communauté scientifique.
Les objectifs du plateau sont :
- Conseiller les chercheurs sur les techniques disponibles sur le plateau après avoir définis avec eux leurs besoins en analyses
- Réaliser les analyses de la préparation des échantillons à l’exploitation des résultats
- Développer de nouvelles techniques d’analyses en fonction des besoins des chercheurs telle que la quantification de type label-free
- Former les chercheurs aux techniques de préparation d’échantillons, d’analyses et d’exploitation de résultats
Le plateau propose des prestations de type collaborative ou de service afin de répondre au mieux aux besoins des chercheurs.
Pour nous contacter : proteomics@ibpc.fr
Equipements
La plateforme de spectrométrie de masse de l'IBPC est dotée :
- d'un spectromètre de masse en tandem neuf à très haute résolution Q Exactive (Thermoscientific) couplé en amont à une nano-chromatographie liquide à ultra haute performance Nano Easy1000 (Thermoscientific)
- d'un spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF Axima Performance (Shimadzu)
- d'un sysystème HPLC permettant une chromatographie préparative et analytique
Analyses
La plateforme propose différents types d’analyses :
• Préparation d’échantillon :
- Digestion gel d’électrophorèse (spot ou bande)
- Purification de peptides C18
• Identification de protéines purifiées (mélange peptidique simple)
• Identification de protéines en mélange complexe (séparation chromatographique préalable)
• Mesure de masse sur protéine entière (en solution)
• Protéomique quantitative : développement de techniques type label free
Des protocoles sont disponibles ci-dessous mais une prise de contact avec le plateau est recommandée avant toute préparation d’échantillon
Protocoles
Pour toute demande d’analyse contacter : proteomics@ibpc.fr
Réservation
Un planning de réservation du MALDI-TOF est désormais disponible en ligne pour le personnel formé de l’IBPC. Pensez à réserver.
https://resa-equipement.ibpc.fr/
Pour toute demande de réservation externe à l’IBPC, ou pour toute demande de formation contacter hamon@ibpc.fr
Actualités
Poster : Proteomic Platform (IBPC) : a mass spectrometry facility open to the scientific community
Newsletter des plaeteformes de l'IBPC 1
Publications
Pour exister en tant qu’entité scientifique et pouvoir ainsi répondre aux appels d’offre et recevoir certaines subventions, le PPI doit avoir une bonne visibilité et apparaître dans les signatures et remerciements d’articles. Pour toute publication utilisant des données générées avec les instruments du PPI, nous recommandons d’inclure la phrase suivante dans les remerciements : « This work was supported in part by LABEX DYNAMO ANR‐LABX‐011 and EQUIPEX CACSICE ANR‐11‐EQPX‐0008, notably through funding of the Proteomic Platform of IBPC (PPI). »
Liste des travaux pour lesquels la plateforme et son personnel ont été associés
2023
Coutelier H, Ilioaia O, Le Peillet J, Hamon M, D'Amours D, Teixeira MT, Xu Z. (2023) Polo kinase Cdc5 is regulated at multiple levels in the adaptation response to telomere dysfunction. Genetics. Doi:10.1093/genetics/iyac171
2022
De Carpentier F, Maes A, Marchand CH, Chung C, Durand C, Crozet P, Lemaire SD, Danon A. (2022) How abiotic stress-induced socialization leads to the formation of massive aggregates in Chlamydomonas. Plant Physiol. kiac321. doi: 10.1093/plphys/kiac321.
Mattioli EJ, Rossi J, Meloni M, De Mia M, Marchand CH, Tagliani A, Fanti S, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Calvaresi M, Zaffagnini M. Structural Snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of phosphosynthetic GAPDH. (2022) Redox Biol;54:102387. doi: 10.1016/j.redox.2022.102387.
Borde C, Dillard C, L'Honoré A, Quignon F, Hamon M, Marchand CH, Faccion RS, Costa MGS, Pramil E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Maréchal V, Escargueil AE. The C-Terminal Acidic Tail Modulates the Anticancer Properties of HMGB1. Int J Mol Sci. 2022 Jul 17;23(14):7865. doi:10.3390/ijms23147865.
2021
Boussac A, Sellés J, Hamon M,SugiuraM. (2021)Properties of Photosystem II Lacking the PsbJ subunit. Photosynthesis Research. doi: 10.1007/s11120-021-00880-w
Tagliani A, Rossi J, Marchand CH, De Mia M, Tedesco D, Gurrieri L, Meloni M, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Zaffagnini M. Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii. (2021) Redox Biol.;38:101806. doi: 10.1016/j.redox.2020.101806.
H. Coutelier, O. Ilioaia, J. Le Peillet, M. Hamon, D. Amours, M. T. Teixeira and Z. Xu (2021). bioRxiv: 2021.2010.2020.465143. The Polo kinase Cdc5 is regulated at multiple levels in the adaptation response to telomere dysfunction
2020
Martins L, Knuesting J, Bariat L, Dard A, Freibert SA, Marchand CH, Young D, Dung NHT, Voth W, Debures A, Saez-Vasquez J, Lemaire SD, Lill R, Messens J, Scheibe R, Reichheld JP, Riondet C. (2020) Redox Modification of the Iron-Sulfur Glutaredoxin GRXS17 Activates Holdase Activity and Protects Plants from Heat Stress. Plant Physiol. 184(2):676-692.
Dezaire A, Marchand CH, Vallet M, Ferrand N, Chaouch S, Mouray E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Prado S, Escargueil AE (2020) Secondary Metabolites from the Culture of the Marine-derived Fungus Paradendryphiella salina PC 362H and Evaluation of the Anticancer Activity of Its Metabolite Hyalodendrin. Mar Drugs. 3;18(4):191.
2019
Zaffagnini M, Marchand CH, Malferrari M, Murail S, Bonacchi S, Genovese D, Montalti M, Venturoli G, Falini G, Baaden M, Lemaire SD, Fermani S, Trost P. (2019) Glutathionylation primes soluble glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase for late collapse into insoluble aggregates. Proc Natl Acad Sci U S A. 17;116(51):26057-26065.
Shao Z, Borde C, Marchand CH, Lemaire SD, Busson P, Gozlan JM, Escargueil A, Maréchal V. (2019). Detection of IgG directed against a recombinant form of Epstein-Barr virus BALF0/1 protein in patients with nasopharyngeal carcinoma. Protein Expr Purif. 162:44-50
Marchand CH, Fermani S, Rossi J, Gurrieri L, Tedesco D, Henri J, Sparla F, Trost P, Lemaire SD, Zaffagnini M. (2019). Structural and Biochemical Insights into the Reactivity of Thioredoxin h1 from Chlamydomonas reinhardtii. Antioxidants (Basel). 8(1). pii: E10.
2018
Butcher F, Hamon M, Gäbelein P, Scholz M, Hippler M, Wollman FA. (2018). The labile interactions of cyclic electron flow effector proteins. J Biol Chem. 293(45):17559-17573.
Zhan Y, Marchand CH, Maes A, Mauries A, Sun Y, Dhaliwal JS, Uniacke J, Arragain S, Jiang H, Gold ND, Martin VJJ, Lemaire SD, Zerges W. (2018). Pyrenoid functions revealed by proteomics in Chlamydomonas reinhardtii. PLoS One. 13(2):e0185039.
2017
Pérez-Pérez ME, Mauriès A, Maes A, Tourasse NJ, Hamon M, Lemaire SD, Marchand CH. (2017). The Deep Thioredoxome in Chlamydomonas reinhardtii: New Insights into Redox Regulation. Mol Plant. 10(8):1107-1125
2016
Berger H, De Mia M, Morisse S, Marchand CH, Lemaire SD, Wobbe L, Kruse O. (2016) A Light Switch Based on Protein S-Nitrosylation Fine-Tunes Photosynthetic Light Harvesting in Chlamydomonas. Plant Physiol. 171(2):821-32.
Liste des travaux pour lesquels la plateforme et son personnel ont été remerciés
Caillet J, Baron B, Boni IV, Caillet-Saguy C, Hajnsdorf E. (2019). Identification of protein-protein and ribonucleoprotein complexes containing Hfq. Sci Rep. 9(1):14054.
Dautant A, Henri J, Wales TE, Meyer P, Engen JR, Georgescauld F. (2019). Remodeling of the Binding Site of Nucleoside Diphosphate Kinase Revealed by X-ray Structure and H/D Exchange. Biochemistry. 58(10):1440-1449
