Thèses

29 septembre 2006 à 13h30, bibliothèque de l'IBPC
Fabien CAILLEZ, UPR 9080, Biochimie Théorique

"Étude des propriétés mécaniques des protéines par modélisation moléculaire"

29 septembre 2006 à 14h00 dans l'amphithéâtre Marie Curie (institut Curie)
Frédéric ALLEMAND, UPR 9073, Régulation de l'expression génétique chez les microorganismes

"Biogénèse du ribosome et plus particulièrement étude de la protéine L20 d'E. coli et de la RNase M5 de B. subtilis"

22 septembre 2006 à 9h30, salle de conférence de l'IBPC
Cyrille DEREMBLE, UPR 9080, Biochimie Théorique

30 juin 2006 à 10h30, bibliothèque de l'IBPC
Sébastien HUET, UPR 1929, Biologie cellulaire et moléculaire de la sécrétion

"Analyse des mouvements des granules de sécrétion à proximité de la membrane plasmique par microscopie de fluorescence à excitation par onde évanescente"

Résumé :
La sécrétion régulée d'hormones est un processus décomposable en plusieurs étapes. Les granules de sécrétion (GS) contenant ces hormones sont formés au niveau du réseau trans-golgien puis migrent jusqu'à la périphérie de la cellule. Ces hormones sont libérées dans le milieu extérieur par exocytose en cas de stimulation de la cellule. Grâce à l'observation des GS situés dans la région juxta-membranaire par microscopie de fluorescence à excitation par onde évanescente, les mouvements de ces organites ont été étudiés à l'échelle du granule unique. Une méthode d'analyse permettant la mise en évidence de comportements transitoires au sein des trajectoires tridimensionnelles des GS a été mise au point. Grâce à son application à l'étude des effets de drogues du cytosquelette et à des observations en double marquage, nous avons pu associer chaque type de mouvements décrit par les GS à un environnement particulier (GS lié à la membrane plasmique, au cytosquelette d'actine ou de microtubules). Nous avons de plus étudié le rôle du complexe protéique Rab27A/MyRIP/Myosine Va lors de la capture des GS en périphérie de la cellule et leur accrochage aux filaments d'actine.

9 mai 2006 à 10h45, salle de conférence de l'IBPC
Nicolas RODRIGUEZ, UMR 7099, Physico-chimie moléculaire des membranes biologiques

"Pores transitoires dans les membranes de vésicules géantes"

Résumé :
Un premier volet porte sur la caractérisation de la fabrication des vésicules géantes. Nous avons étudié quantitativement, par microscopie de fluorescence, la formation de défauts lors de la pousse des vésicules : vésicules multilamellaires, contenant des petites vésicules ou des filaments. Nous avons déterminé la distribution statistique des différents défauts en fonction de la composition lipidique et de la méthode de fabrication (hydratation douce ou électroformation). Nous avons notamment recherché l’influence des lipides chargés, systématiquement négative par électroformation mais positive à faible concentration par hydratation douce. L’identité entre les compositions du film de pousse et des vésicules est aussi discutée. Un second volet a été l’étude de l’insertion de phospholipides à une chaîne courte portant un marqueur fluorescent NBD injectés au voisinage de GUV constituées de DOPC. Les lipides insérés peuvent représenter jusqu’à 10% des lipides de la GUV. Nous avons modélisé la formation de défauts dans la membrane favorisant le passage de lipides du feuillet externe vers le feuillet interne. En ajoutant de la dithionite et en éclairant les GUV avec une lampe à mercure, une solubilisation rapide de la membrane est induite. Elle conduit à l’ouverture de pores transitoires dont la taille atteint quelques micromètres et le temps d’ouverture quelques minutes. A un pore de longue durée succède généralement une cascade de pores transitoires de grande taille et de temps de vie plus courts. A la lumière des modèles existants [Karatekin, Bioph. J., 2003], la formation de pores à longue durée de vie en milieu aqueux est inattendue. Nous avons modifié ces modèles et réalisé des simulations pour montrer notamment que l’entretien de la tension de surface par la solubilisation explique nos observations. Enfin, nous avons conduit des expériences de fusion entre GUV et LUV contenant de la PS et en présence de Ca2+ : elles montrent une adhésion significative sans fusion.

13 février 2006 à 10h00, bibliothèque de l'IBPC
Ivan LOPEZ, UMR 7099, Physico-chimie moléculaire des membranes biologiques

"Translocation de lipides non marqués mesurée par changements de forme de vésicules géantes. Le cas de la céramide"

Résumé :
Une asymétrie de surface de 0.1 % entre les deux monocouches des vésicules géantes (GUVs) suffit pour déclencher un changement de leur forme. L’incorporation des molécules exogènes dans le feuillet externe d’une vésicule prolate produit la formation d’un bourgeonnement. La redistribution par diffusion transversale (flip-flop) des molécules dans les deux feuillets induit la récupération de la forme prolate. Le temps moyen de flip-flop spontané des molécules non marqués incorporées peut être calculé à partir des temps mesurés des deux transitions de forme. Un temps de flip-flop inférieur à une minute à 37 °C a été mesuré pour la céramide naturelle (C6-Cer, C10-Cer, C16-Cer). La méthode a été validée par des mesures spectroscopiques (RPE) du flip-flop d’analogues de céramide dans des LUVs. Les changements de forme des vésicules permettent également la détection du flip-flop de lipides endogènes par des protéines possédant une fonction de translocation lipidique (flippases). Nous avons reconstitué la P-gP (purifiée) et l’aminophospholipide translocase (à partir de membrane de globule rouge humain) dans des GUVs. L’activation de ces protéines par l’ajout d’ATP à l’extérieur des vésicules produit des changements des formes en accord avec un transport lipidique actif.