Thèses

23 septembre 2005 à 14h30, salle de conférence de l'IBPC
Marc FOLICHON, UPR 9073, Régulation de l'expression génétique chez les microorganismes

"Implication de la protéine chaperon d’ARN Hfq dans le métabolisme des ARN polyadénylés chez Escherichia coli"

14 septembre 2005 à 10h00
Karine BASTARD, UPR 9080, Biochimie Théorique

"Assemblage flexible de macromolécules: la théorie du champ moyen appliquée au remodelage des boucles protéiques"

Résumé :
Les méthodes d'amarrage (ou "docking") ont pour but de prédire la structure d'un complexe macromoléculaire à partir des coordonnées atomiques des composants individuels. La majorité de ces méthodes ne considère pas les possibles déformations internes des protéines durant leur association. Nous proposons un nouvel algorithme permettant d'introduire la flexibilité des boucles protéiques de surface dans les méthodes d'amarrage. Dans cet algorithme, chaque boucle flexible est représentée par un ensemble de conformations rigides générées au préalable. Suivant le principe de la théorie du champ moyen, chaque conformation est caractérisée par un poids qui correspond grossièrement à la probabilité que la boucle adopte une telle conformation pour une position donnée du partenaire.
Nous avons introduit cette stratégie dans deux programmes d'amarrage en couplant, dans chaque cas, la théorie du champ moyen avec les techniques exploratoires utilisées. Le premier programme effectue une recherche exhaustive, par minimisations énergétiques, de toutes les possibilités de combinaison des partenaires grâce à une représentation simplifiée des protéines. Le second permet de prédire le détail des interactions entre deux macromolécules en effectuant une recherche en Monte-Carlo du positionnement du partenaire dans un espace restreint. Nous présentons des résultats préliminaires et prometteurs de l'application de notre méthode à la construction d'un système complexe : le filament nucléo-protéique de RecA.

17 juin 2005 à 14h30, salle de conférence de l'IBPC
Anne-Laure TODESCHIN, UPR 9073, Régulation de l'expression génétique chez les microorganismes

"Activation du rétrotransposon Ty1 lors d'une carence sévère en adénine"

Résumé :
Les rétrotransposons sont des éléments génétiques mobiles qui jouent un rôle important dans l’évolution et la plasticité des génomes. La levure Saccharomyces cerevisiae contient 5 familles de rétrotransposons à LTR, Ty1 étant la plus abondante avec 32 copies entières. La rétrotransposition de Ty1 est activée lors de stress ou lors de changements environnementaux. Mon travail de thèse porte sur l’étude d’un nouveau stress : la carence en adénine. Ce type de carence active fortement la transcription du rétrotransposon Ty1 (facteur 5 à 9). Etonnement, cette activation ne passe pas par l’activateur transcriptionnel Bas1, normalement responsable de l’induction des gènes ADE en absence d’adénine, permettant ainsi de synthétiser de l’adénine. Ce résultat indique qu’il existe un mécanisme de régulation propre à Ty1 lors d’une carence en adénine.
Les éléments Ty1, classés en deux catégories d’expression (fortement ou faiblement exprimés) ne réagissent pas de la même façon lors d’une carence en adénine : les faiblement exprimés sont plus activés que les fortement exprimés. Plusieurs régions du promoteur de Ty1 semblent impliquées dans la régulation par l’adénine. L’activation par la carence en adénine est perdue dans des mutants modifiant la stoechiométrie des histones. Ces deux observations suggèrent que d’une part, l’intégrité du promoteur est nécessaire et d’autre part, que cette activation passe vraisemblablement par un remodelage de la chromatine au niveau des promoteurs Ty1.
En parallèle, nous avons déterminé l’impact de la forte activation transcriptionnelle de Ty1 sur la rétrotransposition à l’aide d’un nouvel outil permettant de mesurer la rétrotransposition. Nous avons introduit le système rapporteur his3AI aux loci endogènes de 6 éléments Ty1 : trois faiblement et trois fortement transcrits puis mesuré leur fréquence de rétrotransposition lors d’une carence en adénine. Nous avons ainsi pu montrer que la mobilité des éléments faiblement exprimés est plus activée que celle des éléments fortement exprimés. Ce résultat suggère que l’activation transcriptionnelle de Ty1 par la carence en adénine est suivie par une activation proportionnelle de la rétrotransposition.

10 mars 2005 à 10h30
Dragana DJURANOVIC, UPR 9080, Biochimie Théorique

"Structure et Dynamique des Acides Nucleiques : Application l'Elucidation du Mecanisme de la Reconnaissance entre E2 et ses Cibles"

31 janvier 2005 à 14h30, salle de conférence de l'IBPC
Guillaume PAILLARD, UPR 9080, Biochimie Théorique

"Comment lire la séquence de la double hélice ? Le développement et l'application d'un outil pour analyser quantitativement les interactions spécifiques entre protéines et ADN"