Objectif :
Le thème 2 vise à explorer l’évolution des machineries d’importation de protéines dans les organites endosymbiotiques et l’évolution de la régulation de l’expression des gènes nucléaires et chloroplastiques chez les eucaryotes photosynthétiques. A cette fin, nous intégrons la génomique évolutive et fonctionnelle dans une perspective physiologique en tirant parti de la puissance des données transcriptomiques et protéomiques. Avec l’objectif ambitieux d’explorer les mécanismes de détection de la lumière dans un contexte océanographique grâce à l’exploration des données métagénomiques et écophysiologiques disponibles, nous visons également à découvrir les stratégies qui font des diatomées marines des acteurs fondamentaux d’un écosystème global fonctionnel.
Domaines de recherche clés :
1. Évolution de l’import protéique dans les organites d’origine endosymbiotique
2. Structure et dynamique des génomes
3. Évolution de la régulation de l’expression des gènes
Publications récentes :
Villar E, Zweig N, Vincens P, Cruz de Carvalho H, Duchene C, Liu S, Monteil R, Dorrell RG, Fabris M, Vandepoele K, et al. 2025. DiatOmicBase: a versatile gene-centered platform for mining functional omics data in diatom research. The Plant Journal 121: e70061.
Cattelin C, Goulancourt R, Chatellet E, Astatourian A, Robert C, Wollman F-A, Lafontaine I. 2025. Searching α−solenoid proteins involved in organellar gene expression. Biorxiv 2025.09.09.674916.
Chaux F, Agier N, Eberhard S, Xu Z. 2024. Extraction and selection of high-molecular-weight DNA for long-read sequencing from Chlamydomonas reinhardtii. PLOS ONE 19: e0297014. https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0297014
Chaux F, Agier N, Garrido C, Fischer G, Eberhard S, Xu Z. 2023. Telomerase-independent survival leads to a mosaic of complex subtelomere rearrangements in Chlamydomonas reinhardtii. Genome Res 33: 1582–1598.
Caspari OD, Garrido C, Law CO, Choquet Y, Wollman F-A, Lafontaine I. 2023. Converting antimicrobial into targeting peptides reveals key features governing protein import into mitochondria and chloroplasts. Plant Communications 100555.
Caspari OD. 2022. Transit Peptides Often Require Downstream Unstructured Sequence for Efficient Chloroplast Import in Chlamydomonas reinhardtii. Front Plant Sci 13: 825797.
Garrido C, Wollman F-A, Lafontaine I. 2022. The Evolutionary History of Peptidases Involved in the Processing of Organelle-Targeting Peptides. Genome Biology and Evolution 14:
Garrido C, Caspari OD, Choquet Y, Wollman F-A, Lafontaine I. 2020. Evidence Supporting an Antimicrobial Origin of Targeting Peptides to Endosymbiotic Organelles. Cells 9: 1795.
Chaux-Jukic F, O’Donnell S, Craig RJ, Eberhard S, Vallon O, Xu Z. 2021. Architecture and evolution of subtelomeres in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii. Nucleic Acids Res 49: 7571–7587.
Eberhard S, Valuchova S, Ravat J, Fulneček J, Jolivet P, Bujaldon S, Lemaire SD, Wollman F-A, Teixeira MT, Riha K, et al. 2019. Molecular characterization of Chlamydomonas reinhardtii telomeres and telomerase mutants. Life Science Alliance 2.
Jolivet P, Serhal K, Graf M, Eberhard S, Xu Z, Luke B, Teixeira MT. 2019. A subtelomeric region affects telomerase-negative replicative senescence in Saccharomyces cerevisiae. Sci Rep 9: 1845.