We main and keep expanding our public library of Chlamydomonas reinhardtii mutants –ChlamyStation– which currently proposes over 600 lines, stored in liquid nitrogen. This collection is available to the Chlamydomonas community, with about 50 requests per year. As our own projects reach publication, we will progressively expand the catalogue, that now also include mutants generated by CRISPR-CAS9.
For diatoms, we will still maintain the collection of TF mutants (1000 strains) generated by RNAi within the framework of the EMBRC-FR program and we continue to generate over-expression lines and gene knock-out mutants of Phaeodactylum tricornutum and new models of diatoms (Cyclotella cryptica) made accessible to genome editing technologies (CRISPR/Cas). Mutants are generated for our research and for the community on demand.
Given our recent advances in genome editing, the lab has also invested in developing Nanopore sequencing technology, indeed important to characterize mutants.
For functional genomics, we continue to potentiate the DiatOmicBase, a genome portal to perform research on different diatom species, gathering comprehensive omic resources to ease the exploration of dispersed public datasets.
La collection de mutants de Phaeodactylum tricornutum et les ressources génétiques
Le laboratoire contribue fortement au développement des ressources génétiques de l’espèce modèle des diatomées Phaeodactylum tricornutum, dans le cadre du Centre européen de ressources biologiques marines-France, du Cluster européen des infrastructures de recherches biologiques marines (EMBRIC), de l’Association de l’European Marine Biological Research Laboratories Expanded (Assemble plus) et de l’Initiative pour la Microbiologie Marine de la fondation Gordon and Betty Moore.
En particulier, le laboratoire génère une collection de lignées transgéniques avec une expression dérégulée de chacun des 220 facteurs de transcription de P. tricornutum, par ARN interférence (ARNi). Environ 150 vecteurs spécifiques des TF ont déjà été générés ainsi que 330 lignées d’ARNi de la famille de transcription bHLH-PAS.
Pour plus d’information : soizic.cheminant-navarro@ibpc.fr
Parallèlement, le laboratoire participe également aux efforts internationaux visant à mettre en place et à améliorer l’édition du génome de P. tricornutum et d’autres espèces par la technologie CRISPR-Cas9. Le laboratoire contribue également à établir un système clonage modulaire pour faciliter le clonage et l’expression des gènes chez P. tricornutum.