Nous avons contribué à la description complète de la structure des chromosomes d’une extrémité télomérique à uen autre de Chlamydomonas reinhardtii, détaillé sa structure subtélomérique et caractérisé sa télomérase et les mutants correspondants. Nous souhaitons désormais étendre ces études aux télomères des diatomées.
Nous dirigeons un vaste consortium international chargé d’assembler et d’annoter les génomes nucléaires et d’organites de 20 isolats sauvages de Chlamydomonas reinhardtii, une espèce exceptionnellement polymorphe. Le pan-génome de Chlamydomonas ainsi obtenu devrait permettre de mener des études d’association pangénomique et d’établir une corrélation détaillée entre la diversité génomique et phénotypique. Nous séquençons et annotons également cinq souches de Polytomella, une espèce apparentée à Chlamydomonas qui a perdu son génome plastidial et est donc purement hétérotrophe.
Nous participons au projet international « 100 Diatoms Genome Project » (JGI), qui vise à séquencer les génomes d’espèces nouvelles représentant la grande diversité des diatomées. Nous y contribuons en générant de nouvelles données génomiques à partir d’espèces sélectionnées et en étudiant la diversité des régulateurs impliqués dans la détection et la signalisation de la lumière, la photo-acclimatation et la biogenèse des plastes. Ces travaux soutiennent de nombreuses études en cours dans le cadre des thèmes 1 et 3. Le projet bénéficie également de nouvelles données transcriptomiques générées à la fois dans notre laboratoire et par nos collaborateurs, qui sont intégrées dans le portail génomique DiatOmicBase, développé conjointement par notre laboratoire et l’ENS. Ce portail fournit des ressources omiques complètes pour les principales espèces de diatomées.