L'Institut de Biologie Physico-Chimique a été créé en 1930 par la Fondation Edmond de Rothschild. Les différents services qui composaient initialement l'Institut ont évolué en Unités de Recherche Associées avec le CNRS (URA), l'INSERM ou l'INRA, jusqu'à la reprise du bâtiment par le CNRS (janvier 1997).  

A cette date, l'IBPC est devenu un Institut Fédératif de Recherche du CNRS - FRC 550 comportant 5 structures de recherche (Unités Propres de Recherche, UPR, ou Unité Mixte de Recherche associée à l'Université, UMR). Ces structures dépendent du département  des Sciences de la Vie ou du Département des Sciences Chimiques .