UMR8261 Expression Génétique Microbienne

CNRS / Université Paris Diderot Paris 7

Directeur : Harald Putzer, Directeur-adjoint : Ciarán Condon

Le plateau technique comprend deux composantes :


- la biophysique

Le plateau de biophysique de l'unité, mis en service début 2007, permet de répondre aux besoins des différentes équipes du laboratoire et propose un accueil aux équipes extérieures à l'unité. Ce plateau est constitué d'un spectrofluorimètre VARIAN CARY ECLIPSE 50 UV/VIS (190nm - 1100nm). Ce spectrofluorimètre est équipé d'une lampe flash au Xénon, ainsi que d'un passeur multicuves thermostaté .

Ce matériel permet de mesurer la fluorescence émise par un fluorochrome avec une grande sensibilité (environ 20 nM). Les expériences couramment réalisées sur cette machine sont des mesures de signal de FRET (Förster/Fluorescence Resonance Energy Transfer) en statique ou en cinétique. En mode cinétique, un même échantillon peut-être excité à 6 longueurs d'onde différentes et l'émission de fluorescence qui en résulte peut également être mesurée à 6 longueurs d'onde distinctes. Ce sprectrofluorimètre est également équipé d'un polariseur. La lumière polarisée ainsi émise permet d'effectuer des expériences d'anisotropie de fluorescence. Cette technique est une méthode de choix permettant de déterminer à l' équilibre les affinités entre une molécule fluorescente et sa/ses cible(s) de fixation.

 

- la protéomique

Cette thématique fonctionne depuis 2006. Elle propose aux équipes de recherche l'analyse bidimensionnelle des protéines solubles des extraits bactériens ou de levure. Les protéines sont extraites, quantifiées et analysées sur gel PAGE/SDS. La focalisation isoélectrique s'effectue dans l'appareil Multiphor II (GE healthcare). La 2ème dimension est faite dans la cuve Protean II Multi Cell (Biorad) qui permet de faire migrer 6 gels de 20 x 18 cm en même temps.

Après coloration au bleu colloïdal, les gels sont scannés à l'aide du scanner GS-800 (Biorad). L'analyse bioinformatique utilise le logiciel PDQuest (version 7.4- Biorad). L'identification des spots, par la spectrométrie de masse, sàeffectue en collaboration avec la Plate-forme protéomique de l'Esplanade, IBMC Strasbourg.


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