UMR8261 Expression Génétique Microbienne

CNRS / Université Paris Diderot Paris 7

Directeur : Harald Putzer, Directeur-adjoint : Ciarán Condon

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   Notre laboratoire «Expression Génétique Microbienne» (EGM, associé à l’Université Paris VII), compte autour de 45 personnes réparties en six équipes scientifiquement autonomes. Cette Unité a été fondée par Marianne Grunberg-Manago au début des années 60. Elle développe des projets de recherche ayant pour objectif l’étude fondamentale de l’expression génétique des micro-organismes (E. coli, B. subtilis, Synechocystis et S. cerevisiae) par des approches génétiques, biochimiques et structurales. L’ARN, sous toutes ses formes, joue un rôle central dans nos travaux qui concernent les étapes clé dans le contrôle de l’expression génétique : la transcription des gènes, la stabilité des ARNm et leur traductibilité.

Transcription. L’équipe 4 (dirigée par H. Putzer) s'intéresse à la régulation des gènes de la machinerie de traduction chez B. subtilis qui fait surtout appel à la modulation de la terminaison de la transcription (atténuation). Un deuxième projet concerne l’étude de facteurs de transcription qui contrôlent le catabolisme des sucres aminés et du glucose chez E. coli.

Traduction. L’équipe 1 (dirigée par G. Boël) cherche à comprendre les mécanismes d'action de nouveaux facteurs de traduction, appartenant à la famille des protéines ABC-F et d’autres facteurs qui couplent la traduction à d’autres mécanismes (transcription ou dégradation de l'ARNm). L’équipe 5 ( dirigée par K. Tanner) cherche à élucider le mécanisme d’action des ARN hélicases «à boîte DEAD». Elle étudie la fonction d’ARN hélicases et leur rôle in vivo chez S. cerevisiae ainsi que le rôle d’une méthyltransférase de eRF1 dans la biogenèse des ribosomes. Dans l’équipe 3 E. Hajnsdorf et ses collègues cherchent à caractériser le contrôle de la traduction par des répresseurs traductionnels (protéines ou ARN) et à explorer les liens entre les différents réseaux de régulation qui impliquent des petits ARN ou d’autres régulateurs.

Dégradation des ARNm. Trois équipes étudient la dégradation et la maturation des ARN bactériens. L’ équipe 3 analyse le rôle des modulateurs de la stabilité des ARNm agissant en trans, tels que la protéine Hfq, les ARN non codants et la poly(A) polymérase. Les équipes 2 et 4 s’attachent à caractériser le catabolisme de l’ARN chez B. subtilis. Dans l’équipe 2, C. Condon a entrepris de caractériser toutes les voies de dégradation et de maturation de l'ARN chez cet organisme. Il a notamment mis en évidence une activité exonucléase 5'->3', jusque là insoupçonnée pour le règne bactérien. L’équipe 4 a, quant à elle, identifié deux endoribonucléases-clé de la dégradation des ARNm chez Bacillus subtilis (RNases J et Y) et étudie leur rôle dans le contrôle de l’expression génétique.

Biologie structurale des ARN. L’équipe 6 (dirigée par C. Tisné) s’est spécialisée dans la biologie structurale centrée sur l’étude des ARN. Elle utilise et développe différentes méthodes de biologie structurale comme la spectroscopie RMN afin d’étudier la biogénèse, l’architecture et les interactions de l’ARN avec divers partenaires.

Durant les deux dernières années la composition de l’Unité a évoluée considérablement. M. de Zamaroczy qui s’est intéressé durant des nombreuses années aux toxines anti-bactériennes (colicines) a cessé son activité en septembre 2016. J. Plumbridge qui a pris sa retraite en mars 2016 reste un membre actif de l’équipe 4 en tant que DR CNRS émérite.

Au cours de la même période, deux nouvelles équipes ont rejoint l’Unité : l’équipe de G. Boël en septembre 2015 (groupe 1) et l’équipe de C. Tisné en octobre 2016 (groupe 6).

 

   The « Microbial Gene Expression » laboratory (associated with the University Paris VII) has about 45 members distributed into six scientifically autonomous research groups. Our unit was created by Marianne Grunberg-Manago in the early 1960’s. It focuses on the study of fundamental aspects of gene expression in microorganisms (E. coli, B. subtilis, and S. cerevisiae) using genetical, biochemical and structural approaches. RNA, in all its forms, plays an important role in our work, which concerns the major steps in the control of gene expression : transcription of genes, the stability of mRNAS and their translation into proteins.

Transcription. Group 4 (headed by H. Putzer) is interested in the regulation of genes of the translational apparatus in B. subtilis that often involve transcriptional antitermination/attenuation mechanisms. A second project centers on studies of the transcription factors that control glucose and aminosugar catabolism in E. coli.

Translation. Group 1 (headed by G. Boël) studies the mechanism of action of newly identified translation factors belonging to the ABC-F protein family and aims to identify new translation factors as well as factors that couple translation to other mechanisms. Group 5 (headed by K. Tanner) aims to elucidate the mechanism of action of DEAD box RNA helicases. They study the function of RNA helicases, as well as the role of a methyltransferase of eRF1 in ribosome biogenesis, in S. cerevisiae. In group 3, E. Hajnsdorf and colleagues characterize the control of translation by translational repressors that can be proteins or RNA and to dissect the links between different regulatory networks involving sRNAs and other regulators.

mRNA degradation. Three groups study the degradation and maturation of bacterial RNA. Group 3 analyses the role of trans acting factors in modulating mRNA stability in E. coli, like the Hfq protein, poly(A) polymerase and non coding RNAs. Groups 2 and 4 are interested in characterizing RNA catabolism in B. subtilis. In group 2, C. Condon and colleagues wants to characterize all the RNA degradation/processing pathways in this organism. They have notably identified a 5’-3’ exonucleolytic activity, which was previously unknown in bacteria. Group 4 has identified two new key endoribonucleases involved in the initiation of mRNA decay in B. subtilis (RNases J and Y) and studies their role in the control of gene expression.

Structural biology of RNA. Group 6 (headed by C. Tisné) is a structural biology team focused on the study of RNA. They use and develop different methods of structural biology, including NMR spectroscopy, to study the biogenesis, architecture and interactions of RNAs with various partners.

During the last two years the composition of the unit has evolved considerably. M. de Zamaroczy whose group has investigated anti-microbial toxins (colicins) for many years has ceased its activity in september 2016. J. Plumbridge has retired in march 2016 but remains an active member of group 4 as a CNRS director emeritus.

During the same period, two new groups have joined the unit. G. Boël has created a new group in october 2015 (group 1) and the team headed by C. Tisné joined the unit in october 2016 (group 6).

 

 

 

 

 

 

 

    

Actualités / News

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Le 1 janvier 2016 la FRE3630 du CNRS devient l' UMR8261. Son directeur est Harald Putzer, son directeur-adjoint Ciarán Condon.

 

 

Séminaires

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Vendredi 9 juin 2017 à 11h30 en salle de conférences :

Martial MARBOUTY

(Institut Pasteur, Paris)

« Metagenomes in three dimensions. »

invité par : Grégory Boël

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Vendredi 16 juin 2017 à 11h30 en salle de conférences :

Yves HENRY

(Laboratoire de Biologie Moleculaire Eucaryote
Centre de Biologie Intégrative
Université de  Toulouse - CNRS)

«The Npa1p complex, a crucial player in the synthesis
of the large ribosomal subunit in yeast. »

invité par : Valérie Heurgué-Hamard et Caroline Lacoux

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 visites :

 

Date de dernière modification : 12 juin 2017


 

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